反覆發作是生殖器皰疹疾病的典型特點之一，主要與致病病毒可潛藏而難以徹底殺滅有關。
神經節是不少生殖器皰疹病毒的庇護所，而一般藥物很難殺死此部位的病毒，因此易反覆發作。對此，可採用西藥和中藥結合治療，先利用西藥殺滅已誘發症狀的病毒，並達到消炎和去除皰疹的效果，再利用中藥調節，抑制剩餘病毒的複製功能，預防再次發作。
西藥治療時，常用藥物為阿昔洛韋或泛昔洛韋等，去正規醫院諮詢醫生後，可獲知用法及劑量，切不可擅自服用，若劑量過大，可能造成身體負擔加重，尤其是加重腎臟負擔。再使用川黃連、菌陳和野菊花等中草藥根據具體辯證進行調理用藥治療。
此外，免疫療法可起到很好的預防發作效果。生殖器皰疹治癒後，潛藏病毒會在患者身體免疫下降時大量繁殖，造成復發。因此，要保證身體免疫力處於較好的狀態，可防止復發。平時多鍛鍊身體，少生病感冒，注意飲食營養和休息等，還可注射卡介菌多糖核酸等來幫助提高免疫力。
生殖器皰疹較難根治，反覆發作也很常見，一般採用西藥治療，中醫可起到輔助效果，增強免疫力能有效預防復發。
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