體外碎石對腎的傷害不大，因為體外碎石主要是利用體外衝擊波，對患者體內的結石達到擊碎的效果。
體外碎石對腎臟的損傷主要是由碎石過程中粉碎的結石對腎臟小血管的損傷引起，主要表現為出血症狀，但一般1-2天就可以自行緩解。總體而言損傷較小，而且體外碎石不需要打麻醉，在患者清醒的狀態下就可以進行，該手術還能避免麻醉相關的風險。雖然一次體外碎石對於患者的腎臟和身體沒有太大傷害，但是如果患者短時間內頻繁的進行體外碎石，對患者的腎臟也會有一定損害。因此，醫生在給患者進行體外碎石時，通常會間隔1-2周進行，而且次數不宜過多。
體外碎石後建議患者多飲水，碎石從尿道排出的過程患者可能會有疼痛感，必要時可以口服止痛藥物止痛。
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