腎囊腫如果是孤立性的情況，在醫學上不屬於嚴重的疾病。一般囊腫小於4公分，沒有症狀的情況下可以無需治療，按時複查即可。
如果囊腫越來越大，檢查發現超過5公分就需要採取穿刺、注射硬化劑或手術治療，做完手術以後還需要定期到醫院複查。如果復發，需要儘早干預，避免更加嚴重的疾病發生。如果情況嚴重有可能會出現腎囊腫自發破裂，腹部有腫塊，出現蛋白尿、血尿、高血壓、腎功能減退等表現，需要進一步診斷，並積極治療。
若體檢時發現較小單純腎囊腫，建議每年體檢監測即可；若B超報告為複雜性腎囊腫，建議進行增強CT、核磁、超聲造影等影像學檢查，進行進一步輔助鑑別，評級後再決定是否需手術治療。
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