口腔潰瘍可能是由於感染、微量元素缺乏等原因所引起的。因此口腔潰瘍的用藥，必須根據不同的原因來進行用藥，這樣才能達到最佳的用藥效果。並沒有一種藥物能夠對所有的口腔潰瘍起到治療作用。
細菌、真菌對口腔的粘膜都可能產生感染引起口腔潰瘍。對於細菌感染導致的口腔潰瘍，需要注意保持口腔衛生，清淡飲食，控制口腔菌群並避免區域性刺激，幫助潰瘍黏膜自愈。真菌感染導致口腔潰瘍，治療過程中，可以使用制黴素直接進行塗擦，用碳酸氫鈉也能改變真菌生存環境，達到殺滅真菌的目的。藥物一定要在醫生指導下使用。
微量元素缺乏導致的口腔潰瘍並不少見。特別是一些B族維生素、葉酸缺乏以及鐵缺乏都可以導致口腔潰瘍的發生，並且不少見。治療這類原因引起的口腔潰瘍，治療上可以及時給予補充，複合維生素B、甲鈷胺、葉酸、各種型別的鐵劑都可以根據不同的情況使用。只要補充得當，效果非常好，短期內能見到明顯的效果。
口腔潰瘍的發生原因很多，只要能明確地確診出發生的原因，注意生活習慣和飲食習慣，必要時給予有針對性的用藥，都能很快起到好的治療效果。評價藥物的好壞，關鍵是能對病因進行有效的治療。
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