牛奶蛋白過敏有自行恢復的可能。通常情況下，停止進食牛奶後，過敏症狀可自行消退，但過敏嚴重者則需及時應用藥物治療。
過敏是由於機體的體質差異所致，有的人會對牛奶過敏，從而出現皮疹、腹瀉等症狀。大部分過敏性疾病，在避免過敏原後，如停用牛奶，即可自行恢復。病情嚴重者，如出現嚴重的腹瀉、嘔吐，甚至喘不過氣，則需立即採取對症治療，可遵醫囑口服氯雷他定、西替利嗪等脫敏藥物。大部分對牛奶蛋白過敏的孩子，隨著年齡增長，胃腸道屏障功能建立，腸道菌群完善，過敏症狀可逐漸減輕，甚至達到自愈。但如果孩子5歲以後仍對牛奶蛋白過敏，則此種症狀可能會伴隨終身。
一旦確診牛奶蛋白過敏，應嚴格迴避相關食物，母乳餵養的寶寶可繼續母乳餵養，但母親需迴避牛奶製品；若為奶粉餵養的寶寶，則需儘早換用深度或完全水解蛋白奶粉，或者氨基酸配方奶粉。
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