結膜炎主要和角膜炎、虹膜炎、青光眼和鞏膜炎這幾種眼病相鑑別。角膜炎是眼球的黑眼仁，透明的那一層的地方發炎了，主要表現為眼球刺痛，有視力下降，眼前現有東西遮擋一樣。
角膜炎比結膜炎嚴重的多，需要點抗病毒、抗真菌等針對性的藥物。
虹膜炎是一種免疫反應，表現為眼球內部的房水閃動，角膜後沉著物，眼球有觸痛，眼睛充血呈現為深紅色，需要點激素類的藥物。
青光眼好發於老年人，表現為一過性的眼球脹痛，甚至有頭痛、噁心、嘔吐，檢查時最典型的表現為眼壓的升高。
鞏膜炎相對比較少見，是眼球深處的一種免疫反應，眼球觸痛，全身有風溼免疫等相關疾病，需要全身使用激素類的藥物。
那麼，治療結膜炎的藥水有很多種型別，抗過敏類和消炎類是其中最常見的兩種型別。
抗過敏類藥水有激素類、非甾體類、抗組胺類以及人工淚液等型別，激素類藥水常見的有氟美龍、典必殊眼藥水，非甾體類眼藥水有迪非、雙氯芬酸鈉等，抗組胺類藥水有埃美丁、色甘酸鈉等，人工淚液有玻璃酸鈉、淚然、羧甲基纖維素鈉、聚乙烯醇滴眼液等。
消炎類藥水有抗細菌、抗病毒和抗真菌三大類。抗細菌類藥水常見的是左氧氟沙星和妥布黴素類，抗病毒類藥水常見的是阿昔洛韋和更昔洛韋。抗真菌類藥水比較少，常用的是那他黴素、兩性黴素B等。
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