新生兒甲減一旦確診則需要立即治療，開始治療的年齡越早，預後越好。根據病因，部分患兒可能需要終身服用藥物。
新生兒甲狀腺功能減退，又稱為呆小症，可以導致臍疝、體格矮小、智慧落後、生長髮育遲緩以及生理功能低下等症狀，並且對神經系統功能的損害不可逆轉。所以新生兒甲減患者一經診斷，需要立即進行甲狀腺激素替代治療。同時需要定期檢測甲狀腺功能進行藥物劑量的調整，並定期監測其智力、體格發育等。
新生兒甲減患者在早期及時應用激素替代治療後，通常可以正常發育成長，不會遺留明顯的後遺症，但一定要注意遵醫囑服藥、定期進行復查。
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