骶管囊腫為良性疾病，本身不致命，但重症病人因長期臥床，護理不到位等可能引起其他併發症致命。
骶管囊腫並非腫瘤性質的病變，無良惡性之分，亦不會出現轉移。但骶管囊腫病情嚴重時，可壓迫神經根，導致患者出現會陰區、臀部、骶尾部、小腿等部位的麻木，也可能出現大小便的異常、肛周疼痛等症狀。此時進行藥物或其它保守治療通常無較大作用，應積極進行手術治療，通常預後較好，患者壽命基本不受影響，與常人無異。若患者治療不及時，病程較長，囊腫長期壓迫周圍神經，可導致患者出現嚴重併發症，如導致下肢麻木、無力而引起靜脈血栓，若血栓脫落可能導致肺栓塞，不及時治療，可危及患者生命。
因此，出現骶管囊腫的患者，應每半年或一年進行一次複查，若發現囊腫持續增大或病情較嚴重，應積極進行手術治療。
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