當乙肝大三陽患者的機體免疫功能被啟用時，免疫系統能識別出乙肝病毒的抗原物質和受病毒感染的肝細胞並出現清除病毒的反應，這是機體的一種自身保護反應。
其結果是大量病毒被清除，而同時受感染的肝細胞也遭到破壞，出現轉氨酶升高，有時還會出現膽紅素的升高。
專家指出，這種清除常常是不徹底的，對於非複製狀態的病毒常常不能殺死而呈潛伏狀態。當機體免疫力下降時，病毒又重新開始複製，感染新的肝細胞，並導致新一輪的免疫攻擊。
如此反覆清除、破壞，再清除、再破壞的過程，就是慢性肝炎發展的過程。隨著血液中病毒的清除，血清中抗-HBe出現，HBeAg消失，也就從乙肝大三陽轉成小三陽。由此可見，能從乙肝大三陽轉成小三陽，對大部分的乙型肝炎病人來說象徵著體內病毒複製的下降，病毒數量的減少，有時血液中甚至檢測不到病毒。
雖然乙肝大三陽或小三陽與肝臟損傷的嚴重程度不直接相關，但病毒減少時受感染的肝細胞會減少，免疫反應和肝損傷也會減輕，因此我們在治療中總希望能將乙肝大三陽轉成小三陽，使病毒的複製下降到最低水平，這樣對病人是有利的。
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