一、手術原則
侷限性GIST的標準治療原則是完全切除腫瘤。
大多數位於食管-胃或十二指腸≤2cm的GIST結節為低危GIST，因此僅需對這些患者進行定期的隨訪;如果在隨訪期間結節體積逐漸增大，可以考慮進行活檢或切除。對於>2cm的結節，標準的治療方法是活檢或切除。位於直腸(或直腸-陰道間隙)的GIST，由於疾病本身潛在的風險較高，因此不考慮腫瘤大小，需要進行完全的干預(活檢或切除)。
腹腔鏡手術容易引起腫瘤破裂導致腹腔種植，所以不推薦常規應用。如果腫瘤直徑≤ 2cm，可以考慮在有經驗的中心進行腹腔鏡切除。依據2007年《胃腸間質瘤外科治療共識》中對手術和切緣的要求進行。術中推薦使用“網兜(extraction bag )”避免腫瘤破裂播散。對於較大的腫瘤，不推薦進行腹腔鏡手術。
達到R0切除是所有手術的目標。如果初次手術僅為R1切除，預計再次手術較容易操作並且風險可以控制，不會造成主要功能臟器的損傷，可以考慮二次手術。如果二次手術可能會造成主要功能臟器的損傷，那麼不建議進行二次手術，尤其對於低風險的患者來說，目前沒有證據支援R1切除患者的預後比R0切除的患者更差。
無瘤操作原則：GIST通常質地較脆，尤其體積大的腫瘤，往往有瘤內出血或壞死。術前或術中腫瘤破裂是預後差的主要原因之一。因此在完整切除腫瘤的同時，應避免腫瘤破裂和術中播散。
GIST很少發生淋巴結轉移，除非有明確 淋巴結轉移跡象，否則不必常規清掃。
活檢：GIST腫瘤質地軟且脆，活檢易引起腫瘤出血或增加腫瘤播散的風險。
如果腫瘤可以完全切除，不推薦術前活檢。
較大病灶，預計可能需要聯合多臟器手術，或者計劃進行新輔助治療，活檢是必要的。明確診斷以計劃最佳的治療方案。
偶然發現的腫瘤，疑似GIST。為了排除其他疾病明確診斷(如淋巴瘤)，可考慮活檢
推薦超聲內鏡引導下進行活檢( 多孔針穿刺活檢 )。如果規範地進行操作，由於穿刺導致的腹腔內汙染是可以忽略的。
醫生活檢前要充分估計風險，對於深部位，極易出血，囊性變的要謹慎應用。
二、 新輔助治療：手術應該保證最小損傷，儘可能保留臟器功能。如果術前評估不確定手術能夠達到R0切除，或/和需要聯合多臟器手術，或者預計術後發生合併症的風險較高，可以考慮術前格列衛(甲磺酸伊馬替尼)新輔助治療。對於特殊部位的腫瘤，如直腸或直腸陰道間隙，區域性復發的風險較高，估計術後會嚴重影響相關臟器功能(如人造肛門等)，可以考慮擴大新輔助治療的適應人群。
格列衛(甲磺酸伊馬替尼)術前治療至腫瘤發生最大反應時，通常為6-12個月再行手術。PET或PET-CT有助於早期評估格列衛(甲磺酸伊馬替尼)的療效，避免對格列衛(甲磺酸伊馬替尼)無效的病例延誤手術時機。一旦證實疾病進展，需要立即停止藥物治療，進行手術干預。
手術前應停用格列衛(甲磺酸伊馬替尼)1-2周，以使 胃腸道水腫減輕，骨髓造血功能恢復;手術後只要患者能耐受口服藥，應儘快恢復格列衛(甲磺酸伊馬替尼)治療。
對於復發轉移患者的術前藥物治療不能稱為新輔助治療。
三、 輔助治療：GIST手術後的復發風險切實存在。特別是對於中-高危患者。手術後應根據腫瘤大小、病理核分裂像、原發腫瘤的部位，以及手術中的情況(腫瘤破裂、出血、壞死、浸潤、淋巴結轉移徵象)來仔細評估GIST的復發風險。
國際多中心、隨機、安慰劑對照的3期臨床試驗( ASOCOG Z9001 )證明了直徑≥3cm的腫瘤術後完整切除後應用格列衛(甲磺酸伊馬替尼)輔助治療1年與對照組比較，明顯提高患者的無進展生存率，總生存率無明顯差異。
Z9001試驗36個月的隨訪顯示：即使對於3-6cm的腫瘤，格列衛(甲磺酸伊馬替尼)輔助治療也顯示了RFS統計學上的差異(91.7％ vs. 83.7％ )。國內的一項多中心研究也證實了格列衛(甲磺酸伊馬替尼)輔助治療在中高危GIST患者中的獲益。結合臨床實踐經驗和現有的臨床試驗結果，專家組一致認為，中高危患者是輔助治療的適應人群。
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