甲亢的治療主要有三種方法：抗甲狀腺藥物、同位素治療和手術治療。三種方法各有優缺點，應該根據甲亢的病因、病人的年齡、甲狀腺的大小、甲亢復發史、有無妊娠、有無突眼、有無甲亢性心臟病、病人對治療的態度、病人醫療條件等因素綜合分析，加以選用。
一般來說，抗甲狀腺藥物治療的優點是：
● 藥物治療的適應症廣，從兒童至老年人及妊娠婦女都可以用藥物治療；
● 藥物治療有效，臨床上很少遇到藥物治療無效的病人，除非病人不能堅持服藥或服藥劑量不足；
● 藥物治療的靈活性強，可以根據病人情況調整藥物劑量，不至於發生永久性甲減；
● 藥物價格便宜，無論他巴唑還是丙基硫氧嘧啶的價格都是很便宜，容易被病人接受。
但藥物治療最大的弱點是：
● 停藥後甲亢複發率高，高達50％左右；
● 其次是藥物引起粒細胞缺乏症。一旦發生危險性很大，不能再選用其它類藥物。因為硫脲類與咪唑類藥物之間引起粒細胞缺乏症的交叉性是很大的。
● 藥物可引起肝功能損害，發生率比前者要少見。
有病人對藥物有過敏：如皮疹等
根治方法：手術及同位素碘
對甲亢有併發症的病人，如甲亢性心臟病、甲亢並結節性腫大的病人，原則上應採取根治的辦法。同位素和手術都屬根治療方法。因為甲亢復發常常會誘發這些併發症復發或加重併發症病情。而甲亢病人多數是在甲亢發生後數月甚至數年才來就診，這樣容易耽誤病情，使有些併發症不能糾正。對就診條件差，不能堅持藥物治療的使甲亢反覆復發的病人也應採取根治的辦法
同位素治療
國外對甲亢治療絕大多數採用同位素治療。在美國90％以上的甲亢病人採用同位素治療；在我國目前甲亢的治療多數採用藥物治療。兩個國家在治療甲亢的方法上的不同，除了學術和經驗不同外，就診費用也是一個重要的因素。我國的門診就診費用很低，病人願意多次掛號就診服藥，採取保守的治療方法。美國就診費用昂貴，病人不原多次掛號服藥治療，情願一次性解決問題，故多采用同位素治療。
同位素治療雖然一次性費用較高，但總的費用並不高，而且病人不需每2～4周就診1次，所以是一種十分方便、容易被病人接受的治療方法。同位素治療甲亢的適應證是比較廣泛的。除了妊娠和哺乳的婦女外，許多甲亢患者都可以用同位素治療。如甲亢性心臟病病人，甲狀腺中度腫大，又不願長期用藥，或對抗甲狀腺藥物過敏，或已有明顯副作用的：白細胞降低，肝功能損害等。
對甲狀腺腫大非常顯著或131碘在甲狀腺內的有效半壽期短v有效半壽期＜3天w的病人，同位素治療是不合適的。因為這種病人對同位素治療的劑量需要很大，對機體可能會產生一些不良反應；其次治療的效果較差。同位素治療的不良反應是治療後的甲減發生率較高。國外報道，第一年甲減發生率為15％～20％。10年後甲減的發率生率為30％，20年後高達70％～80％。國內報道，同位素治療甲亢後甲減的發生率第一年為5％，以後每年增加1％～2％，10年後甲減發生率為15％～25％。
手術治療
對甲狀腺腫大十分明顯或臨床懷疑甲狀腺腫瘤（尤其對甲狀腺掃描冷結節）的甲亢病人應積極採取手術治療；
當然病人對治療的態度也很重要。對要求很快將甲亢治癒的病人可以採用根治的方法；有的病人對治療趨向保守，則可選用藥物治療。一般來說，首次發病的甲亢病人多半選用藥物治療。經藥物治療甲狀腺仍保持明顯腫大者應爭取手術治療。當然 任何治療都不是百分之百，都有復發或發生甲低的可能，只是程度不一而已。
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