扁桃體結石多發生於扁桃體上隱窩中，如此處長期阻塞，分泌物引流不暢，乾酪樣物積聚，致不易溶解的鈣、鎂等無機鹽沉積而成結石。其核心可為小異物、脫落的上皮細胞或細菌等。在有纖毛菌絲的周圍亦常可發生結石。
結石可為一個或多個，從芝麻至核桃大小，有報告一扁桃體結石重6.4克，散佈於咽壁淋巴組織的結石，形小、質軟、易碎;扁桃體結石則較大，堅硬如石。包埋於粘膜下的結石，表面多呈結節狀。粘膜表面可因受壓糜爛，發生流膿瘻管，常使扁桃體上隱窩和舌顎弓粘連。
症狀如慢性扁桃體炎。若結石周圍有化膿感染，可有咽痛不適與反射性耳痛;重者感吞嚥困難，言語含糊不清，口涎增多，張口受限等。有感染時，常自覺口臭。有時結石可自扁桃體上陷窩或舌顎弓處破出。
若因結石刺激引起周圍炎症可以區域性治療，進行區域性敷貼：
將藥物直接貼於下頜部與扁桃體相對應處，以達到清熱解毒，消腫散結的目的。常用的如扁炎軟膏(原名：“扁咽消”、“扁炎消”)。純中藥貼劑，作用直接，對於慢性扁桃體炎，在急性發作時貼有治療作用，在不急性發作時貼有清除病灶的作用。
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