根據痣細胞在面板組織學上分佈不同，色素痣分為皮內痣、交界痣、混合痣三種類型：
①皮內痣是指痣細胞只存在於真皮下方。外觀常常高出面板，呈半球形;最為穩定，一般不惡變;
②交界痣是指痣細胞存在於表皮與真皮交界處，一般來說是平平的，稍稍高出面板;交界痣最為活躍，最容易惡變。通常認為長在手掌、手指甲、腳底、腳趾、腳趾甲、眼瞼結膜、口脣、腰圍、外生殖器等部位的色素痣，多屬於交界痣。這些部位也容易受到各種摩擦刺激，惡變的可能性較大，生活中應加倍小心，認真呵護。
③混合痣則指痣細胞既長在表皮與真皮的交界處，也長在真皮下方。具有皮內痣與交界痣兩者的特點。
但是上述三者用普通肉眼有時實在是無法區分的，只有作病理切片檢查才能鑑別開來。
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