對於甲狀腺濾泡狀癌和乳頭狀癌，當前國內外公認的最好治療方法是：甲狀腺全切或近全切+放射性碘131治療+甲狀腺激素抑制治療。
不同的治療方案有不同的治療效果，綜合治療是最佳選擇。甲狀腺全切或近全切、甲狀腺全切或近全切+甲狀腺激素抑制治療、甲狀腺全切或近全切+放射性碘131治療+甲狀腺激素抑制治療復發的危險分別為34％、11％、2.7％。
手術治療：徹底的手術切除是甲狀腺濾泡狀癌和乳頭狀癌最基本的治療方法。除腫瘤直徑小於1釐米且侷限於甲狀腺內的，均應行甲狀腺全切或近全切，不主張行甲狀腺次全切及單葉切除。
放射性碘131治療：術後殘留的甲狀腺組織（包括殘留的癌組織）、甲狀腺濾泡狀癌和乳頭狀癌的復發灶或轉移灶能攝取131碘，碘131發出的β射線可以殺死癌細胞，達到治療的目的。
甲狀腺激素治療：甲狀腺激素治療可抑制人體生成血清促甲狀腺素，而血清促甲狀腺素能促進甲狀腺癌細胞的生長。因此，甲狀腺激素治療能夠去除促進甲狀腺癌細胞的生長的環境，達到治療的目的。
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