一、神經系統：
MRI適宜各種顱腦疾病的檢查，除顱骨裂縫骨折、少量鈣化的確認及某些急性腦出血疾病等需要參考CT診斷外，絕大部分顱腦先天發育不全或畸形、腦腫瘤、腦血管病、顱腦損傷、腦變性病、腦白質病及腦部炎症，MRI均能做出正確診斷。
MRI的多引數、多序列成像對腦部疾病的評估已達到較成熟的水平。MRI通常對發現腦部病變非常敏感、但對部分疾病的定性診斷仍要密切結合臨床資料綜合考慮。
腦中風、腦白質病、顱腦損傷等疾病往往隨發病時間不同而具有不同的病理改變及MRI表現。因此、完整的臨床資料、特別是起病至接受MRI檢查時的時間長度對於提高MRI診斷的正確性是非常必要的，建議填寫申請單時不要只寫簡單的主訴，而應寫明發病至填寫申請單時的準確時間。另外，簡要而準確的神經系統體徵的提供可以使影像學醫師對腦內疾病的定性診斷更加準確。
MRI對脊椎及脊髓疾病的診斷已獲得廣泛贊同。脊柱退行性病變、脊柱及脊髓外傷、椎骨及椎管內腫瘤、脊柱及脊髓炎症、脊柱及脊髓先天畸形(含顱頸聯合畸形)、椎管內血管病變均是MRI檢查的適應症，MRI對其中大部分病變既能定位診斷，又能定性診斷。但對於觀察細微的骨小樑變化、如椎板骨折、脊椎結核的砂粒樣死骨仍以結合CT診斷為佳。根據我們多年的經驗，部分CT檢查有椎間盤突出、膨出的腰腿痛患者，其真正的病因不一定就是椎間盤突出，可疑患者宜進一步行MRI檢查，以耽誤診誤治。
由於脊椎本身包括的範圍較長，全脊柱MRI檢查需要三個部位才能完成，因此，MRI檢查前對可疑病變段脊椎的正確定位是使患者少花錢、看好病的有效方法。建議行脊椎MRI檢查者檢查前應由脊柱專科、神經內科或神經外科醫師看病，並認真定位為妥。
與腦內病變一樣，椎管內病變，特別是脊髓內病變的定性診斷亦要密切結合臨床資料，其疾病的MRI表現也與發病時間有密切關係，建議參照顱腦檢查者填寫申請單。
二、骨關節、肌肉：
MRI對骨關節系統的檢查具有獨特的優點。其主要原因是MRI能反映軟骨、骨旁軟組織及骨髓內的病理變化。
MRI是目前活體診斷軟骨疾病的最佳方法，MRI能很好顯示軟骨先天發育異常、退變(早期退行性骨關節病)、破壞(如各種關節炎症對關節軟骨破壞的早期辨認)及外傷。MRI對半月板撕裂的顯示直觀、簡便、無創傷，其敏感性、特異性及準確率均甚高(接近95％)，假陰性、假陽性率低(小於5％)，部分關節鏡不能顯示的病變MRI亦可能顯示。目前認為MRI是半月板撕裂的首選影像檢查方法。
MRI是直接顯示肌肉、肌腱及韌帶撕裂的最佳方法。MRI對於骨髓水腫、骨髓挫傷、骨髓腫瘤浸潤等骨髓病變的診斷能力使其不但能發現許多以前影像診斷不能發現的疾病，判斷骨折是否為陳舊性，尚能在骨小樑被破壞前數月對骨骼疾病做出較正確的診斷。
MRI對骨髓炎的早期診斷有重要價值，在脂肪抑制T2WI上骨髓炎病灶表現為明顯的高訊號區，MRI對骨髓炎累及骨外軟組織(如骨膜下膿腫)可以很好地辨認並確認其累及範圍。
MRI能從多個方位及多因素評價骨腫瘤及腫瘤樣病變的空間特性及生物學行為，其影像特點決定其可在無訊號骨結構中突出骨髓訊號的變化，能輕易檢出骨髓受侵犯，但骨小樑結構尚儲存的病變區域，能清晰分辨病灶、灶周水腫和正常骨髓組織。但由於良惡性腫瘤組織並不對應於特異的MRI訊號，MRI對骨化與鈣化的訊號顯示及形態描述也不具有特別的優勢，因此，MRI對骨腫瘤定性診斷應密切結合CT或平片徵象。
三、心臟：
MRI能正確評價心臟、血管的各種病變。先心病、各種後天性心肌病、瓣膜病、心包病變、心臟腫瘤MRI均能正確診斷。直接MRI、非增強MRA、增強MRA均能對血管管徑大小、管壁及管腔內容物進行評估。就顯示血管管腔大小及其內容物的準確性而言，增強MRA好於非增強MRA。
四、腹部、盆腔：
與B超、CT比較，MRI對腹部病變的診斷各有所長。MRI的優點在於其軟組織對比度較好，往往能發現肝、胰、脾、腎等實質臟器內的微小病變並能發現或確認部分組織型別而幫助對病變的定性。MRI對腹內較大病變的定位、定性診斷往往較其它檢查方法更勝一籌，因為其本身能多方位、多因素顯示病變的特徵。
MRI水成像在腹部應用已較成熟，可無創而較完美地完成胰膽管水成像、腎、輸尿管、膀胱及尿路水成像、腸道水成像。
MRI能很好地顯示子宮、卵巢、前列腺、直腸、膀胱等結構，下列盆腔內疾病適應MRI檢查：
①性分化異常及女性生殖道先天異常。
②宮頸的良性病變及宮頸癌的分期;子宮體良惡性腫瘤及癌症的術前分期;各型別卵巢囊腫、良性增生及良惡性腫瘤;盆腔內子宮內膜異位。
MRI能直接顯示卵巢及卵泡，其在卵巢囊腫和多囊卵巢顯示的敏感性方面明顯優於CT及B超。在定性方面，MRI要明顯優於B超和CT，尤其在子宮內膜異位、畸胎瘤的診斷和鑑別腫瘤復發和纖維化方面更具優勢。
③骨產道的非損傷性測量、胎兒宮內發育遲緩及畸形、胎盤位置異常及判斷有無胎盤早剝和梗塞、妊娠滋養層腫瘤的分期。
④男性生殖器官炎症、良惡性腫瘤及先天異常。在前列腺癌的顯示和分期方面，MRI是一項最佳的影像診斷手段。前列腺波譜分析技術對前列腺癌與前列腺增生及前列腺炎症的鑑別更具優勢。
⑤膀胱、直腸的良惡性腫瘤及分期;肛管先天閉鎖的術前和術後評價。
五、五官：
MRI能清晰顯示眼、耳、鼻、喉的形態及其結構。適應評價眼球、眼肌、視神經及眶內病變，特別適合評價與腦相關的病變部位及範圍。但眼內或眶內金屬異常不宜行MRI檢查。
MRI能清晰顯示內聽道內小於5mm的腫瘤，水成像能顯示含內淋巴液的內耳膜迷路的立體形態。MRI對於診斷鼻咽、五官區腫瘤及其與顱底、腦的關係具有其它檢查所不具備的優點。MRI尚能顯示顳頜關節全景，直接顯示其關節盤及關節運動，並能全面評價關節盤位置及結構。MRI對副鼻竇炎症的顯示簡單、直觀而準確。
六、胸肺：
MRI對胸、肺檢查的優勢在於其能直接顯示縱隔及肺門內的血管結構，這有助於全面評價病變與縱隔及肺門的關係及對病變的分期。但目前一般認為MRI對肺內疾病的總體評價能力不如CT。
MRI對於乳腺檢查的價值在於：
①評價活檢前乳腺、減少良性病灶手術活檢次數。因為乳癌在增強MRI有持續強化的特徵，而良性病變無造影強化。
②乳癌分期。它能顯示乳腺X線照片、超聲不能顯示的多中心性小結節灶。MRI確定的腫瘤範圍亦與病理檢查的範圍相關性好。
③評價常規成像診斷不明確的乳腺癌。
④MRI導向行間質性鐳射凝固治療。
⑤評價矽膠植入體的完整性。
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