1、神經系統病變：顱腦外傷、腦梗塞、腦腫瘤、炎症、先天畸形等，屬於常規和首選檢查方法，可清楚顯示腦挫裂傷、急性腦內血腫、硬膜外及硬膜下血腫、顱面骨骨折、顱內金屬異物等。CT診斷急性腦血管疾病如高血壓腦出血、蛛網膜下腔出血、腦動脈瘤及動靜脈畸形破裂出血、腦梗塞等有很高價值，急性出血可考慮作為首選檢查，急性腦梗塞特別是發病6小時內者，CT不如MRI敏感。
2、胸部病變：對於顯示肺部病變有非常滿意的效果，對肺部創傷、感染性病變、腫瘤等均勻有很高的診斷價值。對於縱隔內的腫物、淋巴結以及胸膜病變等的顯示也令人滿意，可以顯示肺內團塊與縱隔關係等。
3、腹部器官：對於實質性器官肝臟、膽囊、脾臟、胰腺、腎臟、腎上腺等器官顯示清晰，對於腫瘤、感染及創傷能清晰的顯示解剖的準確部位病變程度，對病變分期等有較高價值，對腹內腫塊的診斷與鑑別診斷價值較大。
4、盆腔臟器：盆腔器官之間有豐富的脂肪間隔，能準確地顯示腫瘤對鄰近組織的侵犯，因此CT已成為卵巢、宮頸和子宮、膀胱、精囊、前列腺和直腸腫瘤的診斷，臨床分期和放射治療設計的重要手段。
5、骨與關節：
（1）骨、肌肉內細小病變，X線平片常被骨皮質遮蓋不能顯示。
（2）結構複雜的骨、關節，如脊椎、胸鎖關節等。
（3）X線可疑病變，如關節面細小骨折、軟組織膿腫、髓內骨腫瘤造成的骨皮質破壞，觀察腫瘤向軟組織浸潤的情況等。
（4）對骨破壞區內部及周圍結構的顯示：如破壞區內的死骨、鈣化、骨化以及破壞區周圍骨質增生、軟組織膿腫、腫物顯示明顯優於常規X線平片。
（5）對於關節軟骨、韌帶、半月板、滑膜等則以行MRI檢查為宜。
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