MRI是腦組織的磁共振成像，是普通的腦部掃描，可以顯示腦組織基本結構以及腦組織缺血和出血引起的改變；其成像原理：原子核帶有正電，許多元素的原子核，如1H、19FT和31P等進行自旋運動。通常情況下，原子核自旋軸的排列是無規律的，但將其置於外加磁場中時，核自旋空間取向從無序向有序過渡。這樣一來，自旋的核同時也以自旋軸和外加磁場的向量方向的夾角繞外加磁場向量旋進，這種旋進叫做拉莫爾旋進，就像旋轉的陀螺在地球的重力下的轉動。自旋系統的磁化向量由零逐漸增長，當系統達到平衡時，磁化強度達到穩定值。如果此時核自旋系統受到外界作用，如一定頻率的射頻激發原子核即可引起共振效應。這樣，自旋核還要在射頻方向上旋進，這種疊加的旋進狀態叫做章動。在射頻脈衝停止後，自旋系統已激化的原子核，不能維持這種狀態，將回復到磁場中原來的排列狀態，同時釋放出微弱的能量，成為射電訊號，把這許多訊號檢出，並使之能進行空間分辨，就得到運動中原子核分佈圖像。原子核從激化的狀態回覆到平衡排列狀態的過程叫弛豫過程。它所需的時間叫弛豫時間。弛豫時間有兩種即T1和T2，T1為自旋-點陣或縱向馳豫時間，T2為自旋-自旋或橫向弛豫時間。
MRA是腦血管磁共振成像，是用磁共振掃描腦部血管，可以判斷腦血管是否存在血栓、出血、狹窄，並能確定血管狹窄與閉塞的準確部位。其基本原理是基於飽和效應、流入增強效應、流動去相位效應。MRA是將預飽和帶置於3D層塊的頭端以飽和靜脈血流，反向流動的動脈血液進入3D層塊，因未被飽和從而產生MR訊號。掃描時將一個較厚容積分割成多個薄層激發，減少激發容積厚度以減少流入飽和效應，且能保證掃描容積範圍，獲得數層相鄰層面的薄層影象，使影象清晰，血管的細微結構顯示好，空間分辨力提高。
所以MRI和MRA是兩種不同的檢查。腦血管疾病如腦梗塞、腦出血患者最好兩項檢查同時做，聯合檢查可同時顯示腦實質和腦血管的情況。
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