腎穿刺只是一種微創針穿刺術，不需要開刀，整個穿刺過程又看得見(有B超影像引導)，取得的腎組織很少，腎臟自身的止血及修復功能很強，因此，腎穿刺一般是很安全的，不必過分擔心的。一般臥床休息24小時後就可以下地走動了。
腎穿刺一般也沒有後遺症，但可見到以下併發症：
1、血尿：多數人會有顯微鏡下血尿，持續1-5天可自行消失。2％-12％的人會有肉眼血尿，絕大多數3天內會消失，少數人可持續1周左右，僅有少數人可能需要輸血及外科手術止血；
2、腎周血腫：少數人會有腎包膜下的小血腫，一般沒什麼不舒服，不需要特殊處理，1個月左右會完全吸收消散。個別人出血較多、會有較大的腎周血腫，這時會有同側的腰肋部疼痛，可伴有腹脹、噁心及嘔吐，經過止痛止血等處理後會痊癒的，只有極少數需要輸血、手術止血、甚至腎切除止血；
3、動靜脈瘻：穿刺術後肉眼血尿不止，如出血較多需要手術處理；
4、誤傷其他器官：肝、腸等。需要強調的是，腎穿刺引起嚴重出血需要腎切除及誤傷其他器官的機會很少。
腎穿刺要在有小兒腎穿刺條件的醫院、由有資質的小兒腎專科醫生來操作。在有資質的醫院中，做腎穿刺的醫生是要接受嚴格的培訓和反覆操練的，老中青醫生傳幫帶，到這個醫生積累了豐富經驗、技術熟練後，才能單獨操作。有資質的醫院、有經驗的醫生會嚴格執行操作規程，將各種危險因素降低到最低。
注：此資訊源于網路收集，如有健康問題請及時咨詢專業醫生。