長時間或睡覺時配戴隱形眼鏡會使角膜無法接觸空氣，眼睛會因缺氧而產生類似於人體“高原反應”的情況，而出現眼紅、眼痛以及視物模糊。
長久配戴隱形眼鏡可引發乾眼症。
沉積在隱形眼鏡上的蛋白質可產生過敏反應，醫學上稱“巨乳頭性結膜炎”，可表現為眼癢，燒灼感以及粘稠膿性分泌物。
不適當的摘戴隱形眼鏡或配戴與角膜不合適的隱形眼鏡可造成角膜上皮的磨損，甚至繼發細菌及阿米巴的感染，造成不可逆的視力下降。
長期配戴隱形眼鏡還可造成角膜上的神經末梢麻痺，導致角膜的知覺減退。
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