脣顎裂治療效果取決於治療時間和方法的選擇，即能否在適當的時期選擇合適的方法。專業而精細的治療對患者的外觀、語音恢復、改善顏面的發育及心理社會適應均有極大影響。脣顎裂的手術治療主要包括脣裂修復術、顎裂修復術和牙槽突裂植骨術、鼻脣畸形整復術等。有條件的還應當進行牙齒正畸的治療、正頜手術及美容外科手術，以達到更完美的效果。
患兒出生後應當儘快去看口腔頜面外科醫生或整形外科醫生。醫生會根據裂隙的具體情況為患兒制定比較具體的治療計劃。如果沒有條件去看醫生，可以參考下列治療時間表。
初次手術前正畸治療：適用於比較嚴重的完全性脣裂及牙槽突裂。應用鼻-牙槽矯治器不但可以將突出的牙槽骨向下後方移位，縮小裂隙，同時還可以糾正扁平的鼻孔，為下一步的手術效果創造有利條件。
1、生後3個月：進行單側脣裂修復術。
2、生後6個月：進行雙側脣裂修復術。
3、生後8-18個月：進行顎裂修復術。嚴重的雙側完全性顎裂可以推遲到一歲半或更晚。
4、3-4歲：可以進行語音訓練。上頜骨發育不良的患兒可以進行正畸干預治療。
5、4-5歲：進行咽成形術或顎裂再次修復術。
6、5-6歲：進行脣鼻畸形再次修復術，可以進行心理輔導。
7、9-11歲：進行牙槽突裂植骨術。
8、13-16歲：進行比較嚴重的脣裂鼻畸形矯正術。
9、16-18歲：進行頜骨畸形（例如大下巴）的正畸-正頜外科治療
10、18歲以後：進行美容外科治療，將鼻、脣、眼及面部形態調整到協調的美學效果。
脣裂患兒出生後，患兒父母承受著巨大的心理壓力，多急於早日手術修復。部分醫療單位開展了生後即刻修復的治療專案，但是由於患兒脣部解剖標誌點尚不明晰，難以達到比較理想的修復效果。基於孩子的營養髮育、身體對手術的承受能力，手術精細操作的把握性，以及手術對孩子顏面部發育的影響等綜合考慮，多數情況下還需要等到3-6個月，患兒達到體重6-7公斤，血紅蛋白不低於10gM100ml等條件後進行手術比較安全可靠。
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