懷孕一般不會導致甲亢病情惡化，故甲亢並非妊娠的絕對禁忌症。一般建議甲亢患者最好是在疾病痊癒，完全停藥後再懷孕。但如果患者現階段病情已得到良好控制，僅需小劑量藥物維持，也允許懷孕，一般認為不會增加孕期併發症，母親和新生兒預後良好。相反，如果甲亢病情控制不佳，則不宜懷孕。否則，容易引起流產、早產，另外，甲亢孕婦代謝亢進，不能為胎兒提供足夠的營養及氧氣，可導致胎兒生長受限、胎兒宮內窘迫。在用藥方面，甲亢孕婦應當選擇丙基硫氧嘧啶而不是他巴唑，前者與孕婦體內蛋白結合後分子量較大，通過胎盤的速度緩慢，進入胎兒血的量較少，不會影響胎兒。此外，在妊娠期間，需密切監測甲狀腺功能，及時調整丙基硫氧嘧啶劑量，使甲狀腺功能維持在正常值上限的1／3水平，切不可用藥過量，導致甲減，影響胎兒大腦發育。抗甲狀腺藥物（ATD）可從乳汁分泌，影響胎兒甲狀腺功能，故甲亢患者服ATD治療時，不宜哺乳。
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