早期診斷是治療腫瘤的關鍵。惡性腫瘤一旦發病，病人往往每況愈下，尤晚期病人，預後較差，故早期診斷、早期治療極為重要。因此人們對惡性腫瘤要有足夠的認識和警惕，有相關症狀必須積極就診。腫瘤的特殊檢查手段很多：如X線檢查、超聲檢查、CT檢查、磁共振檢查、內腔鏡檢查、生物標誌物檢查、細胞學檢查、組織學檢查和分子生物學檢查等。這些檢查手段能夠從不同角度、不同側面地對腫瘤進行診斷，各有其侷限性。在腫瘤的早期診斷方面腫瘤標誌物概念的出現起到了很大的促進作用。隨著分子生物學和人類基因組計劃的進展，越來越多的特異的腫瘤標誌物被發現和應用，為腫瘤的早期診斷提供了一個新的途徑。如：CEA、AFP、CA-153、CA-199、CA-125、PSA、NSE等等。
其臨床意義有：
1、腫瘤早期篩查。全部腫瘤標誌物整體篩查，在腫瘤的篩查中有一定的普通意義。一般情況，每種腫瘤標誌物主要針對一種癌症，但是每種腫瘤標誌物又普遍同時存在於每個患者體內，我們國家70年代以後在上海等地，通過對大量人群的AFP普查，曾檢出不少肝癌特別是小肝癌患者。前列腺癌等患者亦可達到同樣的效果。所以腫瘤標誌物的篩查對高危人群有很大應用價值。所以腫瘤標誌物的篩查對高危人群有很大應用價值。
2、出現腫瘤症狀或可疑腫物後的鑑別診斷。當一個患者被懷疑患腫瘤時，此時腫瘤標誌物的檢測對鑑別是良性和惡性腫瘤十分有幫助。
3、生物特點和疾病階段的判斷。一旦明確診斷，應馬上測定腫瘤標誌物的基礎水平，以便對估計預後提供幫助。
4、療效觀察和判斷預後。是腫瘤標誌物最有價值的作用。手術前腫瘤標誌物升高，術後下降，表明手術成功;術後略有下降，隨即重新升高，提示手術未奏效;術後下降，過段時間後又明顯升高，提示腫瘤復發或轉移。這種提示往往早於臨床症狀出現前數個月。腫瘤患者經治療後，腫瘤標誌物的升降與患者的療效和預後有良好的相關性。治療後腫瘤標誌物下降說明治療有效;治療後腫瘤標誌物繼續升高，應更換治療方案，如果更換治療方案後腫瘤標誌物持續升高，往往預示著復發或轉移。
5、多種腫瘤標誌物聯合檢測可提高診斷的敏感性。腫瘤是單一變異細胞多次克隆的結果，其發生是多步驟、多基因的癌變過程。腫瘤細胞生物學特性具有複雜性及多型性，表現為癌變後不同種腫瘤病理型別的差異、同種病理型別的腫瘤細胞的異質性、腫瘤細胞基因型即細胞表型的差異等。
在一個腫瘤中存在著不同特性的細胞，在生長速率、表面受體、免疫特性、侵潤性、轉移性、對藥物毒性方面均可能不同。因此同一種腫瘤可含一種或多種腫瘤標誌物，而不同腫瘤或同種腫瘤的不同組織型別既可有共同的腫瘤標誌物，也可有不同的腫瘤標誌物。為了提高腫瘤標誌物檢測的陽性率，選用一些特異性較高的腫瘤標誌物進行聯合檢測，可以提高腫瘤標誌物的應用價值。如：腫瘤全套(男、女)。
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