引起癲癇發作的原因很多，一些顱腦疾病，如腦腫瘤、腦血管病、顱內感染等均可導致癲癇，特別是大腦皮質的病變更常常引起癲癇發作；一些有先天性中樞神經系統畸形的病人容易出現癲癇；在胚胎髮育中大腦受到病毒感染損害，放射線照射或其它原因引起的胚胎髮育不良可以引起癲癇；胎兒生產過程中產傷和缺氧也是引起癲癇的一個主要原因，顱腦外傷也可引起癲癇。
這些有明顯病因導致的癲癇稱為繼發性癲癇，常常能夠通過顱腦核磁共振或腦CT檢查發現問題，懷疑為癲癇的患者進行這種檢查是必要的。
不過還有部分患者從顱腦核磁或CT上不能發現異常，而且查詢不到引起癲癇的原因，這部分患者多數年齡較小，分類上被稱為原發性癲癇。
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