肛瘻自然癒合的幾乎很少，手術是主要療法，常能獲得痊癒，但有一定的複發率。不適合手術的病例，可用非手術療法，一般能減輕症狀，防止瘻管向縱深蔓延，控制其發展。肛瘻和肛旁膿腫一樣，不同於身體其他部位的感染，由於發生在肛門直腸附近，在肛門或直腸內有一固定感染來源，即內口，同時病灶位於肛門括約肌內，括約肌的舒張和收縮會影響膿液的排出。
因此說，肛瘻和肛旁膿腫一旦發生，不論輕重，多沒有自愈的可能，藥物治療也只是減輕症狀，臨床只有通過手術(包括掛線)治療才能達到治癒目的。以往曾有許多人試圖用手術以外的多種方法治療，但都以失敗告終，至少可以說，到目前為止還未發現非手術方法能治癒肛瘻的。
關於肛瘻的治療，專家建議最好在早期採用肛瘻手術進行治療，因為肛瘻一般都很難自愈，所以需要及時的選擇有效的方法進行治療。得了肛瘻怎麼辦是每個患者焦急的心聲，其實不用太過緊張，只要懷疑自己有了肛瘻的症狀，及時到醫院確診，及早治療即可。
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