對於有甲狀腺功能亢進(俗稱甲亢)或者甲狀腺功能減退(俗稱甲低)的病人，通常情況下是有症狀的，是屬於內分泌科需要治療的疾病。甲亢的病人會有心跳加快、顫抖、出汗過多、不能耐熱、失眠、體重下降、大便稀薄等臨床表現，典型表現是雙手平舉閉眼睛的時候有手指的顫抖，未能控制的甲亢患者在孕期發生高血壓、心衰的情況都會比正常人群要大。
甲低的患者主要表現為乏力、便祕、怕冷、肌肉痙攣、浮腫、面板乾燥、脫髮，甲低患者若是得不到系統的治療直接懷孕，發生流產、胎兒神經發育異常的機會也會增加。無論是甲亢還是甲低，都需要在內分泌科進行系統的檢查和治療，儘可能控制甲狀腺激素在正常水平以後懷孕，或者在孕期，若是需要也是可以考慮用藥物來控制度過妊娠期。
臨床上有一種情況被稱之為亞臨床甲減，即TSH升高，而遊離T4在正常範圍內的情況。這樣的情況在人群中根據亞臨床甲減的定義應該在5％左右，亞臨床甲減在1999年的2個觀察性研究中發現亞臨床甲低的患者出生的新生兒智力較正常甲狀腺功能的新生兒要低。
但是這是一個觀察性研究的結論(證據級別II-2和II-3級)，結論是相對不那麼可靠的，在最近2012年一個新的隨機對照研究中發現，亞臨床甲減的患者補充不補充甲狀腺激素對於孩子的認知功能在3歲的時候發現並無差異(證據級別1級)，因此目前美國婦產科學院、美國臨床內分泌醫師協會均不推薦在全妊娠人群中進行甲狀腺功能的篩查和治療，這是截止到目前最為可靠的結論。
前些年，在國內不少醫院曾經廣泛地開展起來甲狀腺功能篩查的工作，並在制訂各地中國人群的甲狀腺功能的正常範圍，並根據TSH升高、遊離T4正常給孕婦做出亞臨床甲低的診斷並給予了優甲樂進行治療，前些年，ACOG的意見仍然是研究結論不一，不能得出結論，但是現在有了1級隨機對照研究的結果，大概就可以對這樣的大人群篩查和亞臨床甲減的診斷說不了。
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