現已公認，子宮內膜異位症與不孕密切相關。本病患者不孕率40％。
一、涉及異位症對輸卵管有影響。異位病灶可影響輸卵管功能，表現輸卵管欠暢或梗阻。這種輸卵管異常可顯著降低異位症患者的妊娠率。但是，異位症病變程度與輸卵管通暢程度無顯著相關，因部分中、重度病變時輸卵管周圍粘連，蠕動受限，受孕能力明顯降低，但對輸卵管內腔影響小，所以部分患者輸卵管雖通暢仍不孕的原因之一。
二、卵巢功能異常導致排卵障礙和黃體形成不良而降低受孕率。
三、異位症患者盆腔微環境改變如區域性存在PG（前列腺素）蓄積，輸卵管區域性PG含量過高或比例失調可致輸卵管蠕動異常，從而影響拾卵、受精和受精卵的輸送而致不孕。
四、免疫功能異常導致抗子宮內膜抗體增加而破壞子宮內膜正常代謝及生理功能而影響受精卵著床。
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