尋常痤瘡發病機制中痤瘡丙酸桿菌的定植被認為是痤瘡炎症反應形成中重要的因素之一，因此抗生素在痤瘡治療中佔有較重要的地位。隨著對痤瘡丙酸桿菌在痤瘡發病中作用更加清晰的理解和越來越多的臨床研究顯示，系統性抗菌療法的策略需要改變。
1、主張抗菌藥物每日劑量要減少
早期研究認為，活的痤瘡丙酸桿菌比死的細菌在誘發痤瘡炎症形成中發揮更重要的作用，一旦痤瘡丙酸桿菌產生耐藥，容易治療失敗。因此在過去指南制定中，強調每日的多西環素或米諾環素劑量不低於100mg，甚至要求達到200mg，以有效殺滅痤瘡丙酸桿菌，防止低劑量使用時耐藥性的發生。
隨著研究的深入，發現痤瘡丙酸桿菌引發的炎症呈非數量依賴性，更不是感染性炎症，而是通過其細菌成分引發機體免疫介導的炎症反應，特別是誘發的天然免疫反應在痤瘡發生發展中顯得更為重要。因此，在痤瘡的治療中，強調抗炎作用比抗菌作用更為重要。有研究發現每日口服多西環素40mg或米諾環素50mg，與每日服用100mg劑量療效相似。兩種藥物劑量降低後，不僅不良反應顯著減輕，而且由於低劑量情況下不產生明確的抗菌作用，也就很難誘發細菌耐藥。考慮到四環素類抗菌藥物的抗炎作用優於大環內酯類，在無明確禁忌症情況下通常應該作為首選。
2、提倡抗菌藥物的療程需縮短
既往認為，痤瘡丙酸桿菌繁殖週期較長，是一個惰性厭氧定植的細菌，這種情況下抗菌療程需要3個月，如果有效甚至強調延長到4個月，以防止耐藥性產生。現在認為，完全殺滅定植在面板中的痤瘡丙酸桿菌沒有必要，而且有研究證實，縮短療程並非影響到療效，也不影響到疾病的復發。為此，國際痤瘡指南中強調，抗菌藥物的療程縮短到1個月左右。這樣短療程的抗菌治療特別是低劑量使用情況下，一方面可以有效的控制炎症反應，另外一方面也避免長期無原則的使用產生的不良反應和細菌耐藥。
3、避免不合理的抗菌療法
抗菌藥物的使用要避免以下不合理的使用：
①選擇的藥物不合理，由於強調藥物的抗炎作用和有效地到達毛囊皮脂腺部位，優先選擇四環素類是合理的，而優先選擇大環內酯類藥物顯然是不合理的，除非是12歲以下的兒童、孕婦或四環素不能耐受的患者。同樣不主張常規選擇喹諾酮類藥物，顯然這一類藥物儘管安全性較四環素類或大環內酯類抗生素要高，但其抗炎作用較弱，皮脂腺中濃度較低，且經常使用容易發生對多種細菌耐藥，影響到系統性感染時抗菌藥物的選擇。
②長期單一外用抗菌藥物;
③外用抗菌藥物與口服抗菌藥物聯合使用;
④不主張四環素類藥物常規與異維A酸合用，兩者合用有誘發良性顱內壓增高和肝損害的風險;
⑤已經存在或容易發生菌群失調如念珠菌性陰道炎等患者，不宜使用廣譜抗菌藥物。
4、注意抗菌藥物的不良反應
抗菌藥物存在多種不良反應，使用是應該重視。常見的包括胃腸道反應、藥疹、肝損害、光敏反應、前庭受累(如頭昏、眩暈)和良性顱內壓增高症(如頭痛等)。罕見的不良反應有狼瘡樣綜合徵，特別是應用米諾環素時。對長期飲酒、乙型肝炎、光敏性皮炎等患者宜慎用或禁用。
四環素類藥物不宜用於孕婦、哺乳期婦女和16歲以下的兒童，16歲以下兒童可考慮使用大環內酯類抗生素。將米諾環素每日劑量分次口服，或使用緩釋劑型每晚1次服用，可部分減輕不良反應。出現嚴重不良反應或患者不能耐受時應及時停藥，並對症治療。大環內酯類和四環素類藥物均易產生藥物的相互作用，聯合其他系統藥物治療時要注意藥物的相互作用。
5、非抗菌藥物可以代替抗菌藥物控制炎症過程
痤瘡丙酸桿菌貫穿於痤瘡病變形成的各個環節，而密閉的皮損狀況又是成為細菌繁殖的重要條件，因此通過改變區域性的皮損狀況，同樣可以達到抑制細菌繁殖的作用。如口服維甲酸類藥物後，可以改善毛囊導管異常角化，降低油脂分泌，不利於細菌生長。既然抗炎作用比抗菌作用重要，可以選擇一些具有抗炎作用的藥物如異維A酸、中藥等而並非一定要選擇抗菌藥物。一些非藥物治療如光動力療法、紅藍光照射、鐳射治療等，同樣可以達到殺滅細菌和控制炎症的目的。
總之，隨著對痤瘡發病機制的認識，傳統的抗菌療法的理念在發生改變。
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