慢性扁桃體炎不僅由於本身炎症蔓延可引起鄰近器官的感染，如中耳炎、鼻竇炎，喉、氣管、支氣管炎等，更重要的是為人體常見的感染病灶之一，與急性腎炎、風溼性關節炎、風溼熱、心臟病、長期低熱等疾患關係密切。因此，在扁桃體炎反覆發作時除抗感染治療外，必要時應手術治療。扁桃體過度腫大或發生腫瘤等疾病時亦應考慮手術治療。
手術主要有剝離法和擠切法兩種。剝離法通常可在局麻或全麻下進行。麻醉後用扁桃體鉗牽拉扁桃體，用彎刀切開顎舌弓遊離緣及顎咽弓部分黏膜。用扁桃體剝離子分離扁桃體被膜，自上而下游離扁桃體，最後用圈套器切下扁桃體下級根蒂，扁桃體及完整切除。近年採用低溫等離子輔助扁桃體切除可使手術出血更少，時間縮短。擠切法是用特製的扁桃體擠切刀從下級套入，轉動刀環，將扁桃體後面及上級套進，另一手拇指輔助將扁桃體全部壓入刀環內，收緊刀柄後快速扭轉將扁桃體通過拽拔摘下。
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