內分泌、疾病、遺傳、營養等因素均可造成身材矮小，其中最常見的原因是內分泌疾病如生長素缺乏、甲狀腺素缺乏、性早熟等。當然，運動、睡眠、營養、精神因素也是影響身高增長的因素之一。
但除非存在一些嚴重的慢性疾病，目前營養不良性矮小已經非常少見了，僅僅是運動、睡眠等因素對身高有影響很少能達到矮小症的診斷。發現矮小，需要及時到有兒童內分泌專科的正規醫院就診，詳細檢查，分清病因，對因治療。常見有矮小分類方法是將矮小分為生長素缺乏類和非生長素缺乏類。分生長素缺乏類矮小中，通過目前的手段，還難以找出病因的。
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