造成身材矮小的原因很多很多，這裡只列舉一些較為常見的原因。
1、先天遺傳性疾病
很多先天性遺傳性疾病都可以造成身材矮小，較多見的有以下幾種：
（1）先天性軟骨發育不全
這種患兒一生下來就表現四肢短小，軀幹正常，肢體不成比例，由於生長速度很慢，因此跟同年齡孩子比，差距越來越大，表現為嚴重的侏儒症。
（2）先天性卵巢發育不全
這種患兒剛生下來表現正常，以後逐漸表現出生長速度慢，個子矮，無女性第二性徵，並且有特殊的體徵。
（3）低血磷抗D佝僂病
患兒出生時正常，一週歲以後逐漸表現出症狀，生長緩慢，有嚴重的“O”形腿。
（4）粘多糖病
粘多糖病有多種型別，其中多種型別都表現有身材矮小，但這類患兒除了身材矮小以外，還有其他嚴重畸形，他們出生時正常，一週歲以後逐漸表現出症狀。
2、慢性系統性疾病
腸吸收不良綜合徵，缺氧型先天性心臟病、腎發育不良等。
3、宮內發育遲緩
患兒雖是足月分娩，但體重不到2.5公斤，有的不足2公斤，他們出生後也往往生長緩慢，身材矮小。
4、家庭性矮小
患兒父母身矮，這些患兒的身矮通常不嚴重，他們出生時正常，體態勻稱。
5、營養缺乏性矮小
由於較長時間的營養攝入不足造成生長緩慢，只要及時恢復足夠的營養攝入和合理的飲食結構，會生長加速。
6、精神心理障礙性矮小
由於不良的生活環境，患兒精神心理受挫折，造成生長緩慢。只要能夠及時消除原來生活環境中的不利因素，數月後會出現顯著的身高增長。
7、體質性生長延遲
即通常說的“晚長”，他們的青春發育期延遲，等到青春發育期，身高增長加速，成年終身高正常。
8、內分泌異常
常見的有以下幾種：
（1）甲狀腺功能減低
甲狀腺功能減低的患兒有兩種型別。
一是剛生下來就患有甲狀腺功能減低，如不及時治療，會既矮又傻，俗稱“呆小症”，二是兒童期才表現出甲狀腺功能減低，智力正常，主要是個子矮，容易被漏診。甲狀腺素價格很便宜，治療效果很好，關鍵是及早診斷。
（2）生長激素缺乏症（垂體性侏儒）
是由於垂體（位於腦的底部）產生的生長激素缺乏或不足引起的。
生長激素缺乏引起的垂體性侏儒出生時正常，出生五個月後生長減慢，隨著年齡增長，生長緩慢程度增加，2週歲時表現比同齡孩子矮，以後差距越來越大，一年身高增長不到4釐米，嚴重者僅有2-3釐米，因此很矮，表現為嚴重的侏儒症。
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