HLA-B27在脊柱關節病的發病中發揮作用，這一點已廣泛認同，但必須注意只有少數HLA-B27陽性者患病。目前，強直性脊柱炎的診斷主要依靠臨床表現及骶髂關節X線片資料，HLA-B27既不能用於強直性脊柱炎的確診，也不能預見患者預後，即HLA-B27陽性者，不一定必然發生強直性脊柱炎；而HLA-B27陰性者，也不一定不會發生強直性脊柱炎。
（1）如果症狀和體徵提示患者強直性脊柱炎的可能性超過50％，那麼HLA-B27陽性會顯著增加正確診斷的機會。
（2）患炎性關節病變的兒童，HLA-B27陽性可提示可能會發生強直性脊柱炎。
（3）如果強直性脊柱炎患者的子女HLA-B27陽性，尤其是男性，提示其發生強直性脊柱炎的可能性較大。
（4）有腰背痛的患者，HLA-B27陰性不利於診斷強直性脊柱炎，在不伴有銀屑病和炎症性腸病時，HLA-B27陰性幾乎可作為排除強直性脊柱炎的條件之一。
（5）HLA-B27陽性的銀屑病或炎症性腸病患者有可能併發強直性脊柱炎。
（6）與HLA-B27陰性的強直性脊柱炎相比，HLA-B27陽性者發病相對較早、臨床症狀較重、全身症狀及外周關節炎（如髖關節等）的發生率較高，免疫學指標改變 （ESR、CRP和γ-球蛋白增高）較多，家族聚集現象、竹節樣脊柱和眼炎的發生率也較高， 即HLA-B27陽性的患者的病情較重，預後欠佳。而HLA-B27陰性患者則多伴銀屑病、潰瘍性結腸炎或克羅恩病。
（7）HLA-B27在強直性脊柱炎的預防與治療中尚無具體應用，或許有用於預防的可能性，如能在羊水細胞HLA分型確定胎兒攜帶致病基因時，可作治療性流產，還可用細胞毒性HLA抗體殺滅攜帶致病基因的精子，防止致病基因的傳遞。
總之，HLA-B27為診斷強直性脊柱炎的參考指標，並非診斷依據。若已經X線等影像學證實診斷為強直性脊柱炎的患者，可不再行HLA-B27檢查。
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