強直性脊柱炎的發生確實與HLA-B27抗原有密切關係。強直性脊柱炎病人HLA-B27抗原陽性率高達90％~96％。但單純HLA-B27抗原陽性不能作為“診斷性”或“確診性”試驗手段。因為在普通人群中HLA-B27抗原陽性約佔4％~8％，大約有80％的HLA-B27抗原陽性者並不發生強直性脊柱炎，另外大約有10％強直性脊柱炎患者為HLA-B27抗原陰性。HLA-B27抗原陰性者也不能除外強直性脊柱炎。
故HLA-B27抗原陽性也不能就一定診斷為強直性脊柱炎，一定結合就診者臨床症狀、體徵及骶髂關節X線、CT檢查方可確診。儘管HLA-B27抗原與強直性脊柱炎有很強的相關性，但受檢者也不能盲目認為查出HLA-B27抗原陽性就一定患有強直性脊柱炎。因為HLA-B27抗原陽性者患強直性脊柱炎概率約為10％~20％，如果盲目認為HLA-B27抗原陽性就一定會患有強直性脊柱炎，雖然是不對的。
由此提示我們HLA-B27抗原是強直性脊柱炎發病中一個重要因素，但不是唯一因素。對疑似或不典型的臨床病例，若HLA-B27抗原陽性，只能提示要高度想到強直性脊柱炎的可能，但不能由此確定一定患有強直性脊柱炎。可結合就診者症狀、體徵、及其他相關檢查，以進一步確診。
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