眼肌癱瘓經受損時發生眼球運動障礙（眼肌癱瘓）及瞳孔散縮功能異常。眼球運動神經的損害可分為周圍型、核型和核上型三種。下面是鑑別診斷。
周圍型病變
周圍型病變表現為眼球運動受限、斜視和複視。動眼神經完全性麻痺時，出現上瞼下垂、眼球外斜、瞳孔擴大、對光反應及調節反應消失。患眼外斜是 因內直肌癱瘓，外直肌失去拮抗作用所引起。患眼不能向上、向下或向內運動，但仍能稍向外下運動，因上斜肌尚正常之故。瞳孔擴大是因縮瞳纖維麻痺所引起。又因睫狀肌的癱瘓引起晶狀體的調節障礙，以致近視模糊。
核型病變
核型病變核型眼肌癱瘓的特點為：
1、動眼及滑車神經核性麻痺大多是雙側性的，但往往不對稱。
2、多合併有鄰近組織的損害，如動眼神經核的受損大多合併有內側縱束的損害，出現眼內、外肌癱瘓和兩眼的同向運動障礙；外展神經核受損時，常合併有患側的面、三叉神經麻痺，兩眼的同向運動障礙。
3、選擇性地只損害部分眼肌的功能，產生所謂分離性眼肌癱瘓。
4、可出現雙側瞳孔對光反應消失，而調節反應仍存在。
5、常合併長束（錐體束、感覺束）損害的體徵。
核上型病變
核上型病變核上型眼肌癱瘓時，產生兩眼聯合運動障礙，雙眼不能協同向上、向下或向一側轉動，稱凝視麻痺。最常見者有兩眼同向水平注視麻痺和兩眼同向垂直運動麻痺兩種型別。
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