近年來在臨床上開展心內膜心肌活組織檢查，由帶活組織鉗的心導管取得標本，進行病理與病毒檢查，可以發現有否心肌炎症的證據，但目前對病理組織學的診斷標準和去除偽跡方面還有些問題待解決。
病毒性心肌炎的診斷必須建立在有心肌炎的證據和病毒感染的證據基礎上。胸悶、心悸常可提示心臟波及，心臟擴大、心律失常或心力衰竭為心臟明顯受損的表現，心電圖上ST-T改變與異位心律或傳導障礙反映心肌病變的存在。病毒感染的證據有以下各點：
1、有發熱、腹瀉或流感症狀，發生後不久出現心臟症狀或心電圖變化。
2、血清病毒中和抗體測定陽性結果，由於柯薩奇B病毒最為常見，通常檢測此組病毒的中和抗體，在起病早期和2～4周各取血標本一次，如二次抗體效價示4倍上升或其中一次≥1∶640，可作為近期感染該病毒的依據。
3、咽、肛拭病毒分離，如陽性有輔助意義，有些正常人也可陽性，其意義須與陽性中和抗體測定結果相結合。
4、用聚合酶鏈反應法從糞便、血清或心肌組織中檢出病毒RNA。
5、心肌活檢：從取得的活組織作病毒檢測，病毒學檢查對心肌炎的診斷有幫助。
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