逆行性細菌感染是指細菌由尿道口往上進入泌尿系統，經由尿道到膀胱甚至進入腎臟或副睪丸、前列腺。大部份的細菌都來自腸道，尤以大腸桿菌最常見。應與下面的症狀相鑑別診斷：
1、尿道炎
在女性中，當尿標本培養細菌陰性時，尿道炎和陰道炎是大多數尿路症狀的原因。白色念珠菌，毛滴蟲性陰道炎或細菌性陰道炎可在尿液流至發炎的陰脣時導致尿痛。儘管主要是尿痛，但陰道分泌物，臭味和性交困難在多數婦女中也發生。性傳播疾病如沙眼衣原體，淋病奈氏球菌或單純皰疹病毒導致的尿道炎引起輕度症狀，起病緩慢，除尿痛外無其他尿路症狀。血尿在中段尿分析中常不存在。
2、膀胱炎
肉眼血尿存在強烈提示細菌性膀胱炎。尿液顯微鏡檢查(細菌和白細胞)和尿培養可證實診斷。幾乎所有女性病人均有膿尿，高達50％有鏡下血尿，中段尿培養標本一般顯示致病細菌，但約30％病人伴類似膀胱炎症狀而無明顯菌尿。
3、前列腺炎
因為急性膀胱炎常伴急性前列腺炎，故通過膀胱排出尿液培養常可證實細菌致病原。因有導致菌血症的危險，醫生不應該按摩急性發炎的前列腺直至合適的抗菌藥物達足夠的血濃度後。慢性前列腺炎可能更加隱匿。通常僅表現為複發性菌尿或伴低熱和背部或盆腔不適。慢性前列腺炎是男性反覆症狀性尿路感染的最常見原因，因為感染不斷進入膀胱。前列腺按摩液培養陽性可證實診斷。清潔尿道周圍區域後病人排尿，最初5~10ml(VB1)和中段的標本(VB2)用以定量培養。病人在膀胱排空前停止排尿，行前列腺按摩。任何擠壓出的前列腺分泌液和隨後排出的最初5~10ml尿液(VB3)作培養。測試結果的解釋為膀胱尿液(VB2)需12WBC/高倍視野時懷疑慢性前列腺炎。尿液或擠壓出的前列腺分泌液培養在慢性前列腺炎中幾乎總是陽性，但陰性培養不能排除診斷。
4、急性腎盂腎炎
典型的敗血症和腎盂腎炎(腰痛，發熱，寒戰，尿痛)症狀和體徵伴未離心尿液革蘭氏染色中發現白細胞增多，膿尿和菌尿強烈支援診斷。腎盂和腎實質感染臨床上不能鑑別，通常兩個部分同時受累。病理學上在小管中發現中性白細胞相等於尿中發現白細胞管型。體格檢查有時出現腹部略強直，應與腹腔內疾病鑑別。需行特殊染色以鑑別白細胞和腎小管的管型，見到白細胞管型時是腎盂腎炎的病理學特徵性表現，但它們亦可見於腎小球腎炎和非感染性小管間質性腎炎。尿pH可能鹼性，因為微生物分解尿素。
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