深部性頭痛多見於腦膿腫、腦炎、腦腫瘤，並向同側外部放射。深部頭痛主要是由於顱內血液迴圈及腦脊液迴圈障礙以及顱內壓增高，刺激腦血管和腦膜引起的。
顱內病變引起的頭痛，疼痛多較劇烈，多為深部的脹痛，炸裂樣痛，常不同程度地伴有嘔吐，神經系統損害體徵，抽搐，意識障礙，精神異常以至生命體徵的改變。
顱內腫瘤，多為深部頭痛，呈間歇性並逐漸加重，大便和咳嗽時可加重，眼底檢查可發現視乳頭水腫。
腦膿腫常由中耳、乳突、鼻旁竇等處的感染直接蔓延而來，頭痛劇烈，噁心嘔吐，甚至有意識障礙以及全身感染症狀。
腦膜炎症性頭痛，一般起病急，呈持續性深部頭痛，伴有發熱及嘔吐。
治療以解除疼痛及事先預防為主。生活型態需稍加調整，避免喝酒，尤其是疾病發作時、應戒菸，旅行時，需預備類固醇藥物、避免含硝酸鹽的食物。
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