深部性頭痛的患病部位在頭部，其所屬科室是內科、神經內科，與之相關的疾病有腦膿腫、頭痛、腦膜炎、腦積水、腦膜瘤、顱中窩腦膜瘤、腦室內腦膜瘤。深部性頭痛多見於腦膿腫、腦炎、腦腫瘤，並向同側外部放射。
可能出現的相關症狀有搏動性頭痛、抽搐、癲癇性頭痛、鈍痛、多夢、噁心、乏力、反覆發作性頭痛。
深部頭痛主要是由於顱內血液迴圈及腦脊液迴圈(腦脊液迴圈途徑：左、右側腦室脈絡叢—經室間孔→第三腦室—經中腦水管→第四腦室—經正中孔、外側孔→蛛網膜下隙→蛛網膜粒→上矢狀竇→竇匯→左右橫竇→左右乙狀竇→頸內靜脈)障礙以及顱內壓增高，刺激腦血管和腦膜引起的。
淺部頭痛常是由於頭部各器官的疾病所引起的。鼻或鼻旁竇所引起的多為隱痛或鈍痛並常侷限於病竇部位;如中耳炎與外耳道癤腫等耳部疾病會引起耳部疼痛;眼部疾病引起的頭痛多見於眼球附近和後枕部的隱痛;屈光不正的頭痛則常為額顳部鈍痛沉重感;青光眼可引起劇烈的頭痛，初發時侷限於眼球附近，並伴有噁心嘔吐、視力減弱、瞳孔放大、眼壓增高等;牙齒疾病所引起的疼痛多限於齒部，為持續性、博動新疼痛。
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