肛瘻患者都有自己切身的體會與痛苦。一旦肛瘻形成，自愈的機會極少，瘻管複雜化後，帶來許多麻煩與一定的危害性。首先是膿水汙染內褲，劇烈活動後可促使膿液外溢，區域性經常受到刺激，面板摩擦、瘙癢，非常痛苦，影響工作和學習，久而久之可使身體虛弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，出現貧血、發作亦越加頻繁，形成互為因果。
由於多次反覆發作，膿液可穿破管壁順括約肌間隙蔓延而形成多發性、複雜性肛瘻，不但給治療帶來了困難，而且也影響到肛門的正常生理功能。肛瘻的多發性，可形成直腸陰道瘻、直腸尿道瘻和直腸膀胱瘻，危及周圍臟器，並且肛瘻有惡變傾向。
肛瘻合併肛門直腸癌的病例近年來不斷增多，早在1936-1955年，Mark醫院曾發現肛瘻並有直腸膠樣癌8例;1966年Heidenreich綜合歐美文獻，肛瘻並有肛門直腸癌者131例，多數是粘液腺癌;1981年日本大腸癌研究會統計，日本全國已發現的肛瘻癌變，肛瘻持續5年以上者95例，10年以上者80例，粘液腺癌佔大多數。一般認為癌變與長期慢性炎症的刺激有關。硬結形成，粘液分泌及疼痛常為癌變的先兆。10年以上者癌變率較高，值得人們引起高度重視。由此，積極治療肛瘻，可以預防直腸癌的發生。
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