淨選指中藥材在切制、炮炙或調配、製劑前，均應選取規定的藥用部分，除去非藥用部分、雜質及黴變品、蟲蛀品等，使其達到藥用的淨度標準。
1.清除雜質的方法有四種：挑選、篩選、風選、水選等。去除附著混雜在藥材中的泥土、砂石、異物及黴敗物，以達到清潔藥物的目的，並可將大小不等的藥材篩選分開，以便分別進行炮製加工。
2.分離和清除非藥用部位：
通過去毛、去蘆、去心、去核、去頭足翅等加工處理，以達到去除非藥用部分的目的，如石韋刷去毛、人蔘去蘆、巴戟天去心、烏梅去核、斑蝥去頭足翅等。一些礦物、介殼、果實種子藥材如磁石、石決明、女貞子、蘇子等需要碾搗粉碎。
首先搞清要分離不同藥用部位的有——蓮子心(胚芽)清心火，蓮子肉補脾澀精;麻黃根止汗，麻黃草質莖發汗;如白扁豆分離種皮和種仁。白首烏、苦楝根、雷公藤的外皮有毒副作用也應除去。毛能刺激咽喉引起咳嗽，故應除去以消除副作用。
去毛方法有鹿茸燎去毛茸;枇杷葉、石韋刷去毛;骨碎補、狗脊、馬錢子用砂炒法燙去毛;金櫻子挖淨毛和核;香附撞去毛。
其他操作多為去除非藥用部位，以潔淨藥物，調配時劑量準確。要知道應去除的部位及適用的藥物，以備選擇。如用莖部分的藥物一般須除去主根、支根、鬚根等，例石斛、蘆根、藕節等。用根部的藥物往往須除去殘莖，如龍膽、丹蔘、威靈仙、防風。牡丹皮、地骨皮、巴戟天、五加皮應去木質心。烏梅、山楂，山茱萸等去核取肉。枳殼去瓤。
3.其他加工應瞭解方法及適用藥物。
碾搗：如礦物藥自然銅、赭石、龍骨、陽起石，動物甲殼龜甲、牡蠣、瓦楞子，植物藥芥子、韭菜子、木鱉子等。
制絨：如麻黃制絨，艾葉制絨。
拌衣：如硃砂拌茯神、茯苓、遠志，以增強寧心安神作用。青黛拌燈心草有清熱涼肝的作用。
某些質地鬆軟而呈絲條狀的藥物如竹茹、谷精草等須揉搓成團。
淨選加工的目的：
1.除去泥沙雜質及蟲蛀黴變品；
2.除去非藥用部位；
3.區分療效不同的藥用部位；
4.將藥材分檔；
5.簡單加工。
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