肛瘻最終需通過手術來治癒，但手術了也並不一定就能肯定治癒，我們經常會聽到，某某人做了3次、5次，還有8次、10次，還是不好。既然手術做不好，為何還說最終要通過手術來解決，這裡邊說明什麼問題？疾病的複雜與多變。一個簡單的肛瘻可能3分鐘就解決，但趕上一個複雜的3個小時也不一定能解決。所以肛瘻的手術被列為國際醫學難題，很多單位面對較複雜的肛瘻，只好採取放棄手術的態度，告訴患者，與瘻共存。
那麼，肛瘻手術到底難在哪？
1、根深蒂固
根深，有些高位肛瘻深入盆腔很深，甚至還有2條、3條瘻管。蒂固就是瘻管出現閉塞不痛。這個時候就非常難辦，你去切開，無道可入，你去剔除，位置太高，血管太多，幾乎是不可能。這就給手術大大增加難度。
2、挖根帶出泥
這是患者擔心的，也是醫生顧忌的。我們知道，肛瘻的手術其實就是敞開瘻管，解決引流問題，所以瘻多深，就要切多深。切的什麼東西？肛門括約肌，都是非常有用的肌肉。切得越深，損傷的肌肉就越多。所以為什麼說，高位瘻難治，就難在肌肉的保護上。
肛瘻是一種漸進性加重的疾病，很多患者拖了很多年，病情很複雜，來了就要求“微創”治療，這可能嗎？其實最好的微創是你爭取站到那3分鐘能解決的行列，要早，老鼠剛來打洞，趕緊把它抓住，扼殺在搖籃中。不然它會打很多洞，打很深的洞。
3、不識根何處
既然是根治，那一定得找到根。對有些肛瘻，就是讓你去切，但物件都找不到，到處是瘻管，到處是瘢痕。你不能把它們都挖掉。所以找不到根會更讓人犯難。造成這種情況的原因，一是拖延太久，一是多次手術久治不愈，三是經驗不足。這其中多次手術最讓人頭痛。曾經有這麼個例子，有個非常形象的比喻。
一個患者得了肛瘻，找到個小有名氣的醫生給做了手術，手術很“順利”，時間也不長，術後皆大歡喜。但好景不長，別人手術後都是一天天逐漸好轉，但這個患者好像沒有啥進展，疼痛，流膿怎麼就不見少。1個月過去了，他沉不住氣了，趕緊又找來了別的醫生看，這回這個醫生很有經驗，一檢查就明白是怎麼會事了，他解釋到：“我打個比喻，你身上長了個大蘿蔔，這個蘿蔔就是你的肛瘻。前面的手術只是把蘿蔔秧揪掉了，蘿蔔還在，當然好不了。”
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