顱骨修復的選材問題一直是個大問題。顱骨修補材料的選擇其實要求是很高的，如果材料不適合自身的生理環境，那可能出現各種嚴重問題，造成很多不適，甚至可能危及生命。
因為是需要向頭部置入材料替代顱骨，來重塑完整閉合的顱腔環境，這其實類似於器官移植，只不過移植的並非活體器官，而是相應的修補材料。器官移植最怕的就是組織不相容，而出現排異反應，而顱骨修補同樣存在這樣的問題。臨床上很多情況下也會出現因材料組織相容性差而導致術後排異反應的發生，甚至最後頭皮破壞，材料外露。
那麼有的患者問顱骨修復可以用自體骨嗎，用自體骨是不是就可以解決排異問題了呢！其實在顱骨修補術的發展史上，也確實有過使用自體骨修補的先例，比如用脛骨、肋骨、肩腫骨、骼骨及胸骨等作為顱骨替代物，但是也存在諸多問題。首先是取材有限，人體骨骼就那麼些，各司其職，修補了顱骨可能就造成另一處的缺損；另外需要開闢第二術區，創傷更大，風險更高；很多情況下自體骨移植後，可能會被吸收，還有就是自體骨結構形狀是固定的，難以塑形，等等問題。所以自體骨修補早已被淘汰。
目前最為理想的顱骨修補材料要數聚醚醚酮PEEK材料了，該材料具有相當好的組織相容性，不會有排異反應。另外PEEK材料各項效能都與自體顱骨十分接近，逐漸成為顱骨修補材料的最新趨勢。
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