開顱手術或開放性顱腦損傷2~3天后，出現發熱、頭痛、頸項強直等症狀時，而且腦脊液生化常規檢查查出顱內有異常病原微生物，就說明發生了顱內感染。
其中，確診顱內感染的必要檢查是做腦脊液檢查，一般是通過腰穿（有時可以直接腦室穿刺）抽取少量的腦脊液。
一般檢查結果為腦脊液白細胞增高，從幾十到幾萬都有可能，腦脊液中性粒細胞比例增高，白細胞/細胞總數比例上升；腦脊液蛋白上升，腦脊液糖下降；而且，培養出病原體，結合生化檢查結果，就可以確診是否發生了顱內感染。
如果條件允許，還可以配合做頭顱增強的核磁共振或者CT，觀察大腦裡邊的情況，以及是否有病原體導致的腦膿腫形成。
查出顱內感染，如果治療不當，感染得不到有效控制，病情很快就會加重，甚至死亡。如果及時堅持正確治療，絕大多數患者的顱內感染可以痊癒，而且不留下後遺症。
那麼怎樣才是正確治療呢
一般來說，如果是顱內細菌感染，常規要使用抗生素。
輕微的顱內感染，可以通過打吊瓶，用抗生素控制顱內的感染。但是由於大腦組織與血液迴圈系統沒有直接相通，而是通過一種叫做血腦屏障的結構交換物質，所以，此時要注意選擇容易通過血腦屏障的抗生素進行治療；否則抗生素從全身靜脈進入，要是到達大腦病灶的抗生素濃度不夠，也很難控制感染。常見藥物有，美羅培南、萬古黴素、頭孢他啶、阿米卡星等等。
如果是嚴重的顱內感染，一般需要區域性用藥，做到精準治療。與全身使用抗生素以控制顱內感染的方式不同，此時精準用藥，直接作用於大腦的感染病灶，同時提高區域性病灶的藥物濃度、減少藥物對肝腎功能的損傷以及其他的副作用，此時就要儘可能選用區域性效果比較好的藥物，比如美羅培南、萬古黴素等，雖然有時藥敏顯示耐藥，但是由於區域性濃度高，也可以有很好的效果。頭孢哌酮、多粘菌素、替加環素等等，雖然有時雖然藥敏是敏感的，但是不能通過血腦屏障，所以不建議使用。這樣用藥好處多多：用藥總量小、費用低、全身副作用小、治癒率高。
對於嚴重的顱內感染，而且病原微生物的耐藥性特別強的時候，反倒不建議多種抗生素大量甚至超劑量全身使用，不僅不能根除感染病灶，還會導致肝腎功能、胃腸道的損害。
經過一段時間的抗感染治療後，如果患者的體溫恢復正常，頭痛、頸項強直的症狀也消失，腦脊液生化檢查顯示腦脊液的各項指標逐漸恢復了，還要連續抽2~3次腦脊液，檢查結果均一致之後，才能說明顱內感染徹底治好了。
（注意，即使腦脊液病原體培養陰性，如果同時腦脊液白細胞增高，腦脊液糖下降，也不一定痊癒。）
最後，顱內感染並不可怕，可怕的是耽誤時間，以及各種錯誤治療，延誤了最佳的治療時機！
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