腦梗死是由於腦部血液迴圈障礙、缺血、缺氧所致的侷限性腦組織的缺血性壞死或軟化，腦梗死的藥物治療應針對不同的時期、不同的病因選擇相應藥物。
抗血小板聚集藥是治療腦梗死的基礎用藥，主要包括阿司匹林、氯吡格雷、西洛他唑等，這類藥物通過抑制血小板聚集和釋放，使區域性的血栓不再進展擴大，服用此類藥物時應注意出血風險，如出現牙齦出血、大便發黑等情況應及時就診調整用藥。
他汀使用對於非心源性動脈粥樣硬化性腦梗死也非常重要。常用的有阿託伐他汀和瑞舒伐他汀。有高血壓的要控制血壓，口服降壓藥。抗血小板藥、他汀、及降壓藥是腦梗死治療的三大基石。
對於房顫造成的腦梗死，常應用抗凝藥物防治再栓塞。常用的口服抗凝藥物為華法林，該藥物需監測INR（控制在2.0~3.0），有一些新型的口服抗凝藥物如達比加群等，無需監測INR。此外，急性期常用普通肝素靜脈泵入及低分子肝素皮下注射等。
由於腦梗死患者常伴有糖尿病、高同型半胱氨酸血癥等高危因素，應同時控制這些危險因素，在醫生指導下應用相應的降糖藥，降同型半胱氨酸選擇葉酸、維生素B6、維生素B12聯合用藥。此外，一些中藥，如改善迴圈、營養神經類藥物也可起到輔助治療的作用。
總之，腦梗死的治療，藥物只是其中一個方面，應針對病因及患者存在的腦血管病危險因素選擇個體化的治療方案，應在醫生的指導下綜合治療，定期複查。
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