男性勃起功能障礙根據發病原因可分類為心理性勃起功能障礙、器質性勃起功能障礙和混合型勃起功能障礙，涉及大腦、激素、情感、神經、肌肉和血管等多方面問題，其治療也包括多種手法：
第一線療法：抑制磷酸二脂酶5活性可阻斷cGMP水解提高其濃度，誘導陰莖血管及海綿竇平滑肌鬆弛，可使陰莖動脈血流增加而誘導陰莖勃起。磷酸二脂酶5是陰莖海綿體組織中分佈廣泛的一種酶，可水解環磷酸鳥酐（cGMP）。目前高選擇性PDE5抑制劑有西地那非、他答那非和伐地那非等。
第二線治療：真空負壓裝置療法，將陰莖根部放置負壓環阻止血液迴流，負壓作用於陰莖海綿體，吸引血液進入陰莖，使陰莖被動勃起。陰莖海綿體藥物注射療法，通過前列腺素E1，罌粟鹼，酚妥拉明等血管擴張藥物注射到陰莖海綿體內，通過區域性血管擴張作用誘導陰莖勃起。但是，必須在醫生指導下確定藥物使用劑量，藥物注射方法，以免發生嚴重合並症。
第三線治療：對第一線和第二線治療效果不佳的重度患者治療選擇陰莖起勃器植入手術治療。有兩種起勃器可供選擇，可屈性（半硬）與可膨脹性起勃器（二、或三件套）。多數患者更喜歡三件套可膨脹性起勃器，因可以獲得更“自然”的勃起，其缺點為有發生機械故障與其他併發症可能。而二件套假體機械故障發生率較低且植入較簡單，可以再次手術更換。
此外，還可以通過一般治療改變不良生活方式、心理治療等手段，防治高危因素，如增加鍛鍊、減肥及禁用可引起ED的藥物，積極治療糖尿病，高血壓的原法性疾病。心理治療適用於對有明顯精神心理疾病的患者，性心理治療可單獨進行或配合其它治療方式，但療效不確定。
患者在臨床治療時，可採取階梯治療的辦法，根據嚴重程度和不同病因來選擇治療方案。
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