龍膽瀉肝丸的主要副作用就是可能導致腎損害，研究認為是藥中關木通所含馬兜鈴酸所導致[1]。現在關木通已經替換為木通，而白木通卻不含有馬兜鈴酸，相對要安全些，但是應用時要注意辨證論治，根據證型選用，如確實是肝膽溼熱下注才可以應用，否則即使是治療作用也會變成副作用。
寒性體質的患者也不宜多用。寒體性質是身體內部陰氣過剩，導致陰陽失調。具體表現：內臟下垂，對營養物質消化和吸收功能減弱，以至身體對熱量吸收減少，身體呈寒性。不常喝水不會覺得口渴，常覺得精神虛弱且容易疲勞，臉色蒼白、脣色淡，怕冷、怕吹風、手腳冰冷，喜歡喝熱飲、吃熱食、常腹瀉、常小便且顏色淡等。
在服用龍膽瀉肝丸的時候，如果服用此藥，三天後，發現症狀仍然沒有緩解，要立刻停藥，並且需要到正規的肝病醫院檢查下。對於一些有高血壓、心臟病、肝病、腎臟病、大便細軟者、年老體虛患者、嬰幼兒、孕婦要謹慎使用。
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