香砂養胃丸是我國國家基本藥物目錄收錄中成藥，安全性較好，藥品說明書沒有明確記載不良反應。但臨床使用需要辯證施治，才能取得較好臨床效果。
在一項香砂養胃丸聯合馬來酸曲美布汀在老年功能性消化不良患者中的應用效果研究中，57例患者中僅有1例出現頭暈，2例出現嗜睡，不良反應輕微。蔣春梅採用香砂養胃丸聯合替普瑞酮膠囊治療慢性萎縮性胃炎的研究中，25例患者中3例出現噁心，2例出現嘔吐，1例出現隱痛，總體安全性良好。
合理使用也是確保用藥安全性的前提。香砂養胃丸在服用過程中還需要注意飲食清淡，忌菸酒、辛辣、生冷和油膩；胃陰虛患者主要表現為口乾欲飲、大便乾結、小便短少者不宜使用；過敏體質者慎用；有高血壓、心臟病、肝病和腎病等慢性病嚴重者應在醫師指導下服用。
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