黃體囊腫大多數為生理現象，直徑達到一定程度會出現病理性改變。
在大多數情況下，黃體在上次月經後6～7周便開始萎縮，約在10周時失去功能。然而，在大約1/10的妊娠中，黃體並沒有在預期時間內消失，反而形成黃體囊腫。一般而言，這種囊腫屬生理性的，並不會對身體構成危害。在病理狀態下，黃體直徑為1.5～2.5cm，為囊性黃體；如果黃體的直徑超過2.5cm，就會形成病理性的黃體囊腫。如果大至一定程度或發生蒂扭轉或破裂時，則考慮手術治療。
黃體囊腫依其被覆囊壁的黃體化細胞來源而分為粒層黃體囊腫和泡膜黃體囊腫兩種：粒層黃體囊腫：多見，大都為黃體血腫的後果。在黃體血管化期，在正常情況下黃體腔內出血有一定限量，但在某些病例血液可充滿黃體腔，並可形成一相當大的血腫。泡膜黃體囊腫：較少見。大都伴隨水泡狀胎塊和絨毛膜癌發生，稀少病例併發於正常妊娠。併發於妊娠期的這種囊腫見於絨毛膜促性腺激素水平最高時期，後來可自發退化。
可見，生理性的黃體囊腫多自發退化，如引發其他症狀應及時檢查。
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