嬰兒溼疹病因尚不完全清楚。大部分臨床醫生的共識是認為本病的發生嬰幼兒特應性皮炎的發生原因接近，主要與遺傳因素、免疫因素和環境因素三個方面有關。
遺傳因素被認為是嬰兒溼疹的主要原因，有研究顯示父母一方有特應性皮炎者，其子女出生後3個月內發病率可達25%以上，2歲內發病率可達50%以上，如果父母兩人都同時有過此類病史，他們的下一代患病率可高達79%；雙胞胎的孩子其中一個患有溼疹，另外一個經常也會罹患。
免疫因素也被認為是嬰兒溼疹發生的重要因素，由於嬰兒體質的原因，嬰兒免疫力低下不能抵禦外界環境的刺激，常易發生過敏反應而導致溼疹的發生。
環境因素主要指生活環境，包括嬰兒的飲食（牛奶、雞蛋、魚蝦、牛羊肉等食物中的異種蛋白成分，食品新增劑、防腐劑、保鮮劑，飲料等可作為過敏原而引起溼疹）、氣候變化(周圍環境中的花粉是重要的致敏物質)、室內環境（一般塵蟎也是過敏反應的重要原因）、衣著被褥以及洗護用品等，也可刺激發病。嬰兒溼疹大多預後較好。但是，嬰兒溼疹往往是兒童過敏性（變應性）疾病的早期表現，其原因可能是遺傳環境等因素和免疫因素共同作用的。
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