正常情況下，母乳餵養的新生兒每天大便次數為2～5次，甚則8～10次，糞質比較稀，精神狀態好、吃奶好、體重增長正常。但是如果新生兒出現大便呈蛋花湯樣、有酸臭味，大便中有黏液，混有血絲，或者伴有發熱、不愛吃奶、嘔吐、腹脹、哭鬧等，則需要及時就醫。
新生兒病理性腹瀉分為感染性腹瀉和非感染性腹瀉。感染性腹瀉可由病毒、細菌、真菌等感染腸道後引起。非感染性腹瀉多由新生兒對牛奶蛋白過敏、乳糖不耐受、消化不良、著涼等導致。新生兒的消化功能發育不成熟、胃液酸度低、消化酶分泌量不足或者活性低、對食物的耐受力低下，如果餵養不當，新生兒就會出現腹瀉。如果奶粉衝調濃度不正確、更換奶粉、奶粉中加糖、奶液過涼或者過早新增米糊等澱粉類食物，都容易導致新生兒腹瀉。
新生兒出現腹瀉，根據不同病因及腹瀉的嚴重程度不同，進行不同的治療方法。細菌性腹瀉需要使用抗生素治療，而且要有足夠療程，避免反覆；病毒性腹瀉或其他原因導致的腹瀉，不宜濫用抗生素，影響病情恢復。針對牛奶蛋白過敏症或乳糖不耐受，需要更換水解蛋白、氨基酸粉或免乳糖的特殊配方奶粉。
此外，新生兒腹瀉可服用十六角蒙脫石（思密達）用以保護胃黏膜，或者服用益生菌調節腸道菌群，促進疾病恢復。如果腹瀉嚴重，出現脫水、酸中毒、電解質紊亂等，需輸液治療。
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