在性交過程中，病毒通過正常人面板粘膜表面與患者面板粘膜表面或分泌物的直接接觸進入正常細胞，病毒在細胞內繁殖擴增，此過程即急性感染期，可以沒有任何自覺症狀。病毒在區域性繁殖導致感覺神經末梢感染，隨後病毒通過感覺神經逆軸索執行至神經元，進入背根神經節，經短暫複製（2～3天）後進入潛伏感染狀態。此時被感染的細胞並不會死亡，病毒基因以抑制狀態存在於被感染細胞內，細胞的存活與功能不受影響，並可維持數年乃至終生。在合適的條件下，如患者外傷、月經來潮及免疫抑制等情況下，病毒可以被啟用，從背根神經節釋放出來，感染並破壞面板或粘膜細胞，形成潰瘍。由於病毒通過細胞間感染並可潛伏於背根神經節內，所以可以在很大程度上逃避機體的免疫反應，從而使皮損反覆發作。
HSV潛伏感染的模式可能是：HSV進入神經元后，具有重要轉錄調節作用的α基因表達受到抑制，多種刺激因素可啟用潛伏的病毒基因組進入複製週期，除病毒DNA拷貝數增加外，尚需宿主轉錄因子的參與才可完全啟用病毒基因組，而病毒複製啟用後能否導致感染，取決於毒株是否具有複製所必須的全部基因以及這些基因的表達是否充分。在潛伏病毒的啟用過程中，DNA的複製是一個決定性的因素。
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